Området ble gravd ut og nøyaktig dokumentert i forbindelse med utvidelsen av Folkebiblioteket på 1980-tallet. Fundamentene og deler av kirkegården kan sees i Folkebibliotekets bygg. 

Det var ved Lona, en liten bukt i Nidelva der båter kunne legge til i middelalderen. Bukten eksisterer ikke lenger, men lå øst for der i dag Gamle Rådhus og Folkebiblioteket ligger, ved krysset av Kongens gate og Kjøpmannsgata..

Ifølge tradisjonen ble liket til Olav Haralsson (den hellige) ført i land her etter at han ble drept på Stiklestad i 1030. Hans sønn kong Magnus den Gode reiste en trekirke på stedet. Han var konge i perioden 1035-1047.

Trekirken ble erstattet av en steinkirke på 1100-tallet. 

Her ble et kloster tilknyttet fransiskanerordenen grunnlagt tidlig på 1300-tallet. Klosteret var i bruk frem til den store bybrannen i 1531, da både klosteret og kirken brant ned.

Middelalderkirken forfalt etter brannen, og ble brukt som steinbrudd på 1600-tallet.